RANZCR CLiP - Catheter and Line Position Challenge - Exploratory Data Analysis

Quick Exploratory Data Analysis for RANZCR CLiP - Catheter and Line Position Challenge challenge

In this competition, you’ll detect the presence and position of catheters and lines on chest x-rays. Use machine learning to train and test your model on 40,000 images to categorize a tube that is poorly placed.

Overview

train.csv contains image IDs, binary labels, and patient IDs.

train.csv ファイルには対応する{画像のID, 状態を表す数値(画像は1がある列の状態になっている), 患者のID}が含まれる

StudyInstanceUID - unique ID for each image

Abnormal - カテーテルの即座の再配置が必要な状態
Borderline - 理想的とは言えないものの即座の再配置を要しない状態
Normal - 再配置を要しない状態
Incompletely Imaged - 画像が不十分で留置状態がよくわからない状態

ETT - 気管内チューブの留置状態
ETT - Abnormal - endotracheal tube placement abnormal
ETT - Borderline - endotracheal tube placement borderline abnormal
ETT - Normal - endotracheal tube placement normal

NGT - 経鼻胃管の留置状態
NGT - Abnormal - nasogastric tube placement abnormal
NGT - Borderline - nasogastric tube placement borderline abnormal
NGT - Incompletely Imaged - nasogastric tube placement inconclusive due to imaging
NGT - Normal - nasogastric tube placement borderline normal

CVC - 中心静脈カテーテルの留置状態
CVC - Abnormal - central venous catheter placement abnormal
CVC - Borderline - central venous catheter placement borderline abnormal
CVC - Normal - central venous catheter placement normal

Swan Ganz Catheter - スワンガンツカテーテル、肺動脈カテーテルのこと。
Swan Ganz Catheter Present - スワンガンツカテーテルが存在するかどうか

PatientID - unique ID for each patient in the dataset

患者ごとの画像数をx軸に取り、撮影された画像数ごとにどれだけの患者が居るかをグラフにしている

Annotations

train_annotations.csv these are segmentation annotations for training samples that have them. They are included solely as additional information for competitors.

撮影画像とカテーテル位置のアノテーションが施された画像を表示するための関数を用意する

visualize_annotations()

与えられたIDに対応するアノテーションが施された画像を表示するための関数を用意

process_class()

与えられたクラスに該当する画像としない画像がそれぞれどのくらいあるか + ランダムなサンプル画像 を表示

ETT - Abnormal

endotracheal tube placement abnormal

ETT - Borderline

endotracheal tube placement borderline abnormal

ETT - Normal

endotracheal tube placement normal

NGT - Abnormal

nasogastric tube placement abnormal

NGT - Borderline

nasogastric tube placement borderline abnormal

NGT - Incompletely Imaged

nasogastric tube placement inconclusive due to imaging

NGT - Normal

nasogastric tube placement borderline normal

CVC - Abnormal

central venous catheter placement abnormal

CVC - Borderline

central venous catheter placement borderline abnormal

CVC - Normal

central venous catheter placement normal

Swan Ganz Catheter Present

Venn Diagrams

plot_venn2()

2つのクラスを与えた時、それぞれに属する画像の数に関するベン図を作成する

Submission

sample_submission.csv - a sample submission file in the correct format

サンプルとして提供されているCSVをそのまま提出している